Gli studenti del primo anno seguono i corsi di formazione e di avvio alla ricerca proposti dal collegio dei docenti la cui descrizione è disponibile alla seguente pagina. Al termine di ogni corso ricevono una valutazione da parte del docente in base al lavoro svolto durante il corso stesso. Gli studenti possono seguire altri corsi di livello dottorale in sostituzione dei corsi proposti previa autorizzazione da parte del collegio dei docenti.
Gli studenti sono anche tenuti a seguire il ciclo di seminari Topics in Mathematics, in cui vengono mostrati alcuni dei temi di ricerca sviluppati dai membri del dipartimento o che possano essere ritenuti di interesse per la formazione degli studenti stessi.A novembre presentano un report in inglese del loro piano di ricerca; entro febbraio del secondo anno devono scegliere il relatore e l'argomento della tesi.
Gli studenti del secondo anno seguono il ciclo di seminari Topics in Mathematics; a novembre presentano un report in inglese sulla loro attività di ricerca. Questo anno è principalmente dedicato al lavoro di tesi sotto a guida del proprio relatore.
Gli studenti del terzo anno a novembre presentano l'ultimo report annuale sulla loro ricerca, nel febbraio successivo presentano la tesi al collegio dei docenti e preparano un sunto secondo le istruzioni indicate dall'U.M.I http://umi.dm.unibo.it/italiano/Editoria/bumia/tesi.html.
Durante i tre anni di corso gli studenti trascorrono almeno tre mesi all'estero, tra soggiorno per ricerca e partecipazione a convegni o scuole internazionali.