Il risultato atteso del triennio di Dottorato è una tesi ovvero uno scritto in forma di monografia di almeno 300.000 battute con opportuni apparti illustrativi ed elaborazioni grafiche del candidato, se ritenute opportune. La tesi deve essere inedita e deve avere carattere di originalità scientifica. I testi possono essere in lingua italiana con abstract in inglese o in lingua inglese con abstract in italiano.
La tesi dovrà essere sviluppata nel triennio di Dottorato, non sono ammesse proroghe salvo i sei mesi che potranno essere concessi su indicazione specifica dei lettori esterni individuati dal Collegio.
Il dottorando, al momento della scelta del tema di tesi, verrà affidato a un supervisore che seguirà lo sviluppo della ricerca e ne verificherà in corso d’anno la validità metodologica e scientifica in ogni suo aspetto, se lo ritiene avvalendosi di pareri interni al Collegio docenti o esterni.
Può svolgere la funzione di supervisore qualsiasi docente dell’Ateneo di Bologna, purché in servizio fino al termine del triennio di sviluppo della tesi.
Il dottorando può essere affiancato da uno o più co-supervisori, sia dell'Ateneo di Bologna oppure di altri Atenei nazionali e intenrazionali, in funzione delle competenze richieste per il miglior svolgimento della ricerca. La co-supervisione di docenti stranieri può essere formalizzata, entro il primo anno di corso, ai fini di un doppio riconoscimento del titolo.
La discussione finale per l'attribuzione del titolo di Dottore di Ricerca avviene davanti a una Commissione di nomina Rettorale comprendete un membro del Collegio docenti e membri provenienti da altri Atenei, italiani e stranieri. La Commissione conferisce il titolo di Dottore di Ricerca senza attribuire votazioni e può segnalare la dignità di stampa della tesi.
Il dottorando può affiancare al titolo di Dottore di Ricerca il titolo di Doctor Europaeus seguendo le procedure previste.
Le tesi in co-tutela con Atenei stranieri vengono discusse secondo le norme stabilite dallo specifico accordo di co-tutela.
L'archivio istituzionale delle tesi di dottorato, realizzato da AlmaDL dell’ABIS con la collaborazione dell’Ufficio Dottorato, raccoglie e offre accesso alla collezione completa delle tesi discusse presso l’Università di Bologna a partire dal 2007. Le tesi dell'Università di Bologna sono indicizzate da BASE Lab, DART-Europe, Driver e NDLTD.